７階建てでエレベータを３基備える校舎は、南向きで明るい日差しが入るＨＲ教室が並ぶ教室棟と、職員室のある管理棟の２つからなります。「藤の学び舎」４代目となる現校舎は、2005年に完成しました。特別教室は、第１・第２音楽室、美術室、化学室、生物室、被服実習室、調理実習室、社会科教室、コンピュータ室、視聴覚室、茶室などがあります。７階には、見晴らしのよい図書館と、300人収容可能な大会議室を備えています。憩いの場としてキノルドホール、談話室、各階の畳スペースなどがあります。ＨＲ教室やトイレに加え、特別教室、廊下、階段、渡り廊下なども毎日生徒たちが清掃し、清潔な空間が保たれています。

初代校舎は、北海道大学ドイツ語教授のハンス・コラー夫妻のすすめで、スイスの大建築家マックス・ヒンデル（1887-1963）が設計しました。中央にデザインされた尖塔から、いつしか「玉葱塔」と呼ばれ親しまれるようになり、校舎が変わっても記念館として長く保存されてきました。建物の老朽化に伴い、初代校舎の解体が決まると、市民のみなさまから惜しむ声が上がり、2003年に外観の一部を再現してこの資料館が建てられました。１階は藤学園の歴史に関する展示室、２階はホールとなっています。合唱コンクールの時期には、２階から生徒の歌声が聞こえてきます。

1928年、昭和天皇御即位記念事業として、当時の正門から16条と15条の間の通りに面して藤棚を設けました。その後、校舎の改築とともに数メートル内側へ移設。2011年には、正門から生徒玄関までの間に２つめの藤棚が寄贈され、５月から６月にかけて、生徒の登校姿を彩ります。

ルルドとは、フランス南西部にある町の名前で、聖母マリアが出現したという言い伝えから、カトリック教会の巡礼地となっています。その名を冠した庭は、校舎西側に位置し、小さなマリア像がおかれ、常に美しく整えられています。春は桜、夏はサルビアなど、季節ごとに花が咲き、冬になると純白の世界が広がります。

1920年、教育事業のためにドイツ本部より招かれた３人の修道女が築いた修道院で、殉教者聖ゲオルギオのフランシスコ修道会の日本管区本部です。1925年に藤高等女学校を開校して以来、幼稚園、学校、養護施設、老人ホーム、保育所など、教育や社会福祉の分野で奉仕活動をしています。なお、日本における本会のほとんどの事業には、「藤」という名前が付けられています。本校の生徒たちは、御聖堂において祈りやミサを捧げる機会をもちます。

生徒玄関の北側に立つ「無原罪のマリア像」は、３代目の校舎の落成記念として、殉教者聖ゲオルギオのフランシスコ修道会のムッター・マリア・イシドリス・ヴェレンドルフ総長より寄贈されたものです。ローマで造られた白大理石製の頭身像で、純白の光沢が美しく、優雅さに満ちています。1964年に行われた除幕式では、本校生徒、大学の学生、教職員などの藤学園関係者が3000人集まり、聖歌の調べの中で中学１年生の代表の手によって除幕されました。以来、50年以上にわたり藤学園の発展を見守り続けています。

2007年、校舎の西側につくられました。砂入り人工芝オムニコートには、野外スポーツサーフェス用に開発されたポリルームスプリットヤーンを使用しています。生徒玄関を出て正門までの間に位置するため、テニス部が熱心に練習する姿を下校途中の生徒があたたかく応援します。

1976年、創立50周年記念として現在の体育館が完成しました。大体育館と小体育館の２つがあり、２クラス同時に室内で体育の授業を行うことができます。体育館の壁には大きな鏡があり、新体操の授業の際に、自分の動きを確認するのに役立ちます。校舎からは、渡り廊下を通って行くことができます。

地下１階、地上５階建ての講堂校舎は、総延面積約5820平方メートルの鉄筋コンクリート製です。本校校舎と接続しており、外に出ずに移動することができます。入学式や卒業式などの式典、慰霊ミサなどの宗教行事、合唱コンクールや送別会といった生徒会行事などで使用します。市民のみなさまにも活用され、小澤征爾指揮のニューヨークフィルハーモニー交響楽団の演奏会が開催されたこともあります。2014年に改修工事を行い、耐震構造を強化しました。

遠隔地から入学する生徒のために、校舎より徒歩１分の場所に寄宿舎があります。地上５階建てで、約70の居室を備えています。居室にはベッド・机と椅子・クローゼット・洗面所を完備しており、中学１年生は２人部屋、中学２年生以上は１人部屋となります。仲間と過ごすディルーム、吹抜で開放感のある食堂、シャワールームやユーティリティスペース、自動販売機やコピー機などを設置したサービスコーナー、茶室、ピアノ室、家庭教師との学習のための課外室、保健室など、充実した設備があります。

同窓会員のための会合や研修施設として、1990年に会館しました。鉄筋コンクリート３階建てで、30人収容の研修室、６畳・８畳・15畳の和室などがあります。藤の木会の会員、藤学園教職員、本校の生徒、マリア院関係者などが利用しています。女性の生涯教育のための「藤の木カルチャースクール」では、聖書を学ぶ・コーラス・スケッチ・書道・茶道・刺繍などの講座を開講してきました。本校中１・中２対象とした、英語や数学の講座があり、放課後の時間に合わせて開講しています。敷地内には藤棚があり、毎年見事に咲き誇ります。