藤学園を創立したのはドイツ、リンゲン州テュイネ村に本部を持つ“殉教者聖ゲオルギオのフランシスコ修道会”です。
当時のカトリック札幌教区長であったヴェンセスラウス・キノルド司教の招きによって来日した、ヨハンナ・サロモン、クサヴェラ・レーメ、カンジタ・フォン・デル・ハールの3人の修道女たちによって、1925年に創立されました。

1924年

9月28日校舎上棟式。この日を創立記念日とする。

1925年

「札幌藤高等女学校」（5年制）開設。

初代校長はヨハンナ・サロモン。校長の突然の帰天により、

クサヴェラ・レーメが校長となる。

1941年

ヘレナ牧野キクが校長となる。

1948年

学制の改革により藤女子中学校及び藤女子高等学校となり、

中高一貫教育となる。

1951年

学校法人藤学園となる。

初代理事長 クサヴェラ・レーメ。

1961年

中学・高校旧校舎新築落成。

1968年

藤学園講堂新築落成。

1977年

創立50周年記念体育館（2棟）落成。

1984年

藤学園セミナーハウス落成。

1990年

藤の木会館落成。

1995年

創立70周年記念式典を挙行。

2000年

寄宿舎新築。

2003年

新校舎落成。キノルド資料館新築落成。

2005年

創立80周年記念式典を挙行。

2015年

創立90周年記念式典を挙行。

2016年

石川 直美が中学・高等学校の校長就任。